尽管台湾买入了先进反制导弹,但是其国防工业仍面临财政、体制和民意等诸多问题。负责秘密和敏感工业项目的“中山科学研究院(Chungshan Institute of Science and Technology)”主持研发的“雄风”巡航导弹项目遇到了很大困难,面临终止的危险,研究院受到了政府的批评。台湾国际造船公司(China Shipbuilding Corp,CSBC)正在苦苦证明能够为军方制造柴油潜艇,但是军方否认CSBC具备这种能力。2001年,美国提出可向台湾出售8艘柴油攻击潜艇,但无法保证后续供应。台湾国际造船公司因此启动了该潜艇的本土化项目,但是台湾军方仍在力求自主研制自己的潜艇。