最几年来,张林琦教授在新发突发传染病的保护性抗体研究方面也取得了重要的科研成果。2014年,他领导的研究团队在国际上首次报道分离获得中东呼吸系统综合征冠状病毒(MERS-CoV)的人源单克隆中和抗体。2015年,在系统分析了针对高致病性禽流感病毒(H5N1)表面血凝素蛋白(HA)抗体反应结构与功能特点的基础上,首次定义了保护性抗体识别HA 表面的四个薄弱位点,为研发和优化抗体药物和疫苗提供了精准的靶标。2016年,在我国首次成功分离出三株具备高中和能力的抗埃博拉病毒(Ebola)的单克隆抗体,为研发具有自主知识产权的防治埃博拉的医学干预手段奠定了坚实的基础。张林琦教授的研究工作获得了国内外同行的高度评价,在世界著名出版公司爱思唯尔(Elsevier)2014和2015年中国高被引学者(Most Cited Chinese Researchers)榜单中,连续名列感染和免疫研究领域第一名。