塔里木河另外一个重要的支流就是喀什噶尔河,由于缺少文献的记载,今天人们对喀什噶尔河的了解多是借助当时斯文·赫定实地考察的资料。
在斯文·赫定1899—1901年的实测地图上,喀什噶尔河还是一条流入塔里木河的河流。在清宣统三年(1911年)的《新疆图志》上,也记载着喀什噶尔河注入塔里木河。这说明在20世纪初,喀什噶尔河周边的环境还没有完全被沙化,喀什噶尔河还没有出现完全断流的情况。
到20世纪50年代,当考古人员再次来到喀什噶尔河注入塔里木河的河口时,只能看到一条干涸的河道,这说明在20世纪50年代左右,喀什噶尔河已与塔里木河断流。
从库车向南流的渭干河,在《水经注》中被称为“龟兹川水”。在库车以南,因地势极为平坦,河道迁徙摆动频繁。渭干河下游,据乾隆时期编撰的《钦定皇舆西域图志》记载,称为“额尔沟郭勒”。